एल निनो हा एक हवामानातील एक अविष्कार आहे. एल निनो नसताना उष्ण कटिबंधात सर्वाधिक उबदार पाणी पॅसिफिक महासागराच्या पश्चिम बाजूला इंडोनेशियालगत असते. येथील पाण्यावर हवेचा दाब कमी असतो. पॅसिफिकच्या पूर्व बाजूला दक्षिण अमेरिकेलगत पाण्यावरील हवेचा दाब उच्च असतो. उष्ण कटिबंधातील वारे उच्च दाबाच्या क्षेत्रांकडून कमी दाबाच्या क्षेत्राकडे वाहतात. त्यामुळे उष्ण कटिबंधीय पॅसिफिकवरील वारे सामान्यपणे पूर्वेकडून पश्चिमेकडे वाहतात. A beautiful invention of EL Nino climate
उष्णकटिबंधीय पॅसिफिकवरील वार्यां मुळे समुद्राच्या पृष्ठभागालगतचे पाणी पूर्वेकडून पश्चिमेकडे वाहते. पूर्वेला अधिक खोलवर असलेले थंड पाणी उसळून पृष्ठभागी येते व वाहून गेलेल्या पाण्याची जागा घेते. थंड पाण्यात खनिजे व इतर पोषक द्रव्ये विपुल प्रमाणात असतात. त्यामुळे पाण्याचा पृष्ठभाग व त्याच्याजवळ वाहत जाणार्यात पाण्यातील प्लवकांसारख्या सूक्ष्मजीवांना मुबलक खाद्य मिळते आणि त्यांची संख्या मोठ्या प्रमाणात वाढते.
तसेच यामुळे माशांच्या संख्येतही मोठी वाढ होते. परिणामी एक्वादोर व पेरु यांच्या समुद्रकिनार्यायवरील पाणी हे जगातील सर्वांत मोठ्या व प्रसिद्ध व्यापारी मासेमारी केंद्रांपैकी एक बनले आहे. पॅसिफिकच्या पश्चिम भागातील उबदार सागरी पाण्याने त्याच्यावरील हवा तापते व ती तिच्याभोवतीच्या अधिक थंड हवेपेक्षा हलकी होते. त्यामुळे ती हलकी व बाष्पयुक्त हवा वर जाऊन ढग निर्माण होतात व पॅसिफिकच्या पश्चिम भागात पाऊस पडतो.
येथील पाणी अधिक उबदार होत जाऊन माशांची संख्या कमी होत जाते. एल निनो असताना पॅसिफिकच्या पश्चिमेला हवेचा दाब नेहमीपेक्षा उच्च असतो, तर पूर्वेस अतिशय कमी असतो. त्यामुळे पॅसिफिकच्या उष्णकटिबंधीय भागातील पूर्वेकडून पश्चिमेकडे वाहणारे वारे कमजोर होतात किंवा उलट्या दिशेतही वाहू शकतात. या दोन्ही परिस्थितींत एक्वादोर व पेरू यांच्या समुद्रकिनार्या लगतचे पाणी अतिशय उबदार होते. तेथे विपुल पोषक द्रव्ययुक्त थंड पाणी उसळून वर येत नाही. यामुळे माशांची संख्या खूप कमी होते.